I.Kozak Sequence
http://www.sciencegateway.org/resources/kozak.htm
Most eukaryotic mRNAs contain a short recognition sequence that greatly facilitate the initial binding of mRNA to the small subunit of the ribosome. The consensus sequence for initiation of translation in vertebrates (also called Kozak sequence) is:
ACCATGG
More general it is:
(GCC)RCCATGG
where R is a purine (A or G).
To improve expression levels, it may be advantageous to design the cloned insert according to Kozak's rules.
References:
Kozak, M. Point mutations define a sequence flanking the AUG initiator codon that modulates translation by eukaryotic ribosomes. Cell. 1986, 44(2):283-92.
Kozak, M. An analysis of 5'-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs. Nucleic Acids Res. 1987, 15(20):8125-48
1。真核mRNA起始密码旁侧的共有序列：
分类 共有序列 文献
脊椎动物 GCCGCCA/GCC A （+1 ） UGG Kozzak M ,Nucleic Acids ,R es,1 9 87,15:8125
植物 AACAAA A （+1 ） UGGC Kozzak M ,J.Biol Chem,1991,226:8 125Kozzak M ,J.Cell.Biol,1991,115:887
原生动物 A/U A/U A/U A/U A/U A/U --A -- Yamauchi K ,Nucleic Acids A/U A/U A/U--AAA A （+1） UGANRes,1991,19:2715,
Yeast A/U-A-A/U-A A（ +1） UGUCU Cigam A m et al Genes,1987,59:9:1
另外的说法：
KOZAK序列并非基因表达必需的，做载体构建时可以只设计在起始密码子前面引入KOZAK序列，不应该改变起始密码子后的序列。常用的表达载体都有很强的启动子， 表达效率不会受影响。
我们常用的Kozak是在ATG前面加上GCCACC
KOZAK是一个女科学家，她研究过起始密码子ATG周边碱基定点突变后对转录和翻译所造成的影响，并总结出在真核生物中，起始密码子两端序列为：——G/N-C/N-C/N-ANNATGG——，如GCCACCATGG、GCCATGATGG时，转录和翻译效率最高，特别是-3位的A对翻译效率非常重要。该序列被后人称为Kozak序列，并被应用于表达载体的构建中。
所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律，若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下：
(1)第4位的偏好碱基为G；
(2)ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T；
(3)在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基；
(4)除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。
Kozak规则是基于已知数据的统计结果，不见得必须全部满足，一般来说，满足前两项即可
